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python實現批量nii文件轉換為png圖像

系統 2429 0

之前介紹過單個nii文件轉換成png圖像:

https://www.jb51.net/article/165693.htm

這里介紹將多個nii文件(保存在一個文件夾下)轉換成png圖像。且圖像單個文件夾的名稱與nii名字相同。

            
import numpy as np
import os    #遍歷文件夾
import nibabel as nib #nii格式一般都會用到這個包
import imageio   #轉換成圖像
 
def nii_to_image(niifile):
 filenames = os.listdir(filepath) #讀取nii文件夾
 slice_trans = []
 
 for f in filenames:
  #開始讀取nii文件
  img_path = os.path.join(filepath, f)
  img = nib.load(img_path)    #讀取nii
  img_fdata = img.get_fdata()
  fname = f.replace('.nii','')   #去掉nii的后綴名
  img_f_path = os.path.join(imgfile, fname)
  #創建nii對應的圖像的文件夾
  if not os.path.exists(img_f_path):
   os.mkdir(img_f_path)    #新建文件夾
 
  #開始轉換為圖像
  (x,y,z) = img.shape
  for i in range(z):      #z是圖像的序列
   silce = img_fdata[i, :, :]   #選擇哪個方向的切片都可以
   imageio.imwrite(os.path.join(img_f_path,'{}.png'.format(i)), silce)
            #保存圖像
 
if __name__ == '__main__':
 filepath = 'nii的文件夾'
 imgfile = 'image的文件夾'
 nii_to_image(filepath)

          

代碼是我自己寫的,用于處理ADNI的nii格式完全有效。

以上就是本文的全部內容,希望對大家的學習有所幫助,也希望大家多多支持腳本之家。


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